个人简介

马丽佳，2003年本科毕业于苏州大学医学部。2009年于中国科学院北京基因组研究所获得博士学位，研究方向基因组学与生物信息学，期间在华大基因负责多项大型基因组学研究项目。2009年8月至12月于中国科学院遗传与发育生物学研究所短期访问。2010年至2014年在芝加哥大学基因组学与系统生物学研究所进行博士后研究。2014年12月晋升为Staff Scientist，其后作为co-Principal Investigator承担美国国立卫生研究院ENCODE项目和modERN项目。2018年2月加入西湖大学生命科学学院任特聘研究员。

学术成果

随着各类组学技术的快速发展，生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科，走向以产生和分析数字化组学信息（如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等）与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。
马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺式调控元件（cis- elements）和反式作用因子（trans- regulator）等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点，结合功能基因组学实验与计算生物学方法，研究细胞表型与功能多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响，以及各级调控之间的相互作用（crosstalk）。同时，关注各类前沿实验技术（单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用）和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合，“科学探索”与“技术开发”相结合。
Google Scholar: https://goo.gl/hzbD99

代表论文

通讯作者和共同通讯作者论文(#共同通讯)

1. Yu Z*, Lu Z*, Li J*, Wang Y*, Wu P, Li Y, Zhou Y, Li B, Zhang H, Liu Y, Ma L. PEAC-seq adopts Prime Editor to detect CRISPR off-target and DNA translocation. Nature Communications. 2022.

2. Lu Z*, Ni K*, Wang Y*, Zhou Y, Li Y, Yan J, Song Q, Liu M, Xu Y, Yu Z, Guo T, Ma L. An in-library ligation strategy and its application in CRISPR/Cas9 screening of high-order gRNA combinations. Nucleic Acids Res. 2022.

3. Gao M*, Li Y*, Shu X, Dai P, Cao J, An Y, Li T, Huang Y, Wang F, Lu Z, Meng F, Feng X, Ma L^#, Liu J^#. New Chromatin Run-On Reaction Enables Global Mapping of Active RNA Polymerase Locations in an Enrichment-free Manner. ACS Chem. Biol. 2022;17:768−775

4. Zhang X*, Li Y*, Chen X, Jin B, Shu C. Ni W., Jiang Y, Zhang J, Ma L^#, Shu J^#. Single-cell transcriptome analysis uncovers the molecular and cellular characteristics of thin endometrium. FASEB J. 2022; 36(3):e22193.

5. Song Q*, Ni K*, Liu M*, Li Y, Wang L, Wang Y, Yu Z, Qi Y, Lu Z, Ma L. Direct-Seq: programmed RNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen. Genome Biology. 2020; 21:136.

6. Chen Q*, Li Y*, Wang X, Zhang X, Hu Y, Li L, Suo D, Ni K, Li Z, Zhan J, Zeng T, Zhu Y, Li Y, Ma L^#, Guan X^#. Tumor fibroblast-derived FGF2 regulates expression of SPRY1 in esophageal tumor-infiltrating T cells and plays a role in T cell exhaustion. Cancer Res. 2020;80(24):5583.

7. Ni K, Ma L. Molecular biology techniques for endometrial gene expression: recent technological advances. Endometrial Gene Expression. 2020, Springer.

查看其余9篇第一作者文章及25篇共同作者文章： https://scholar.google.com/citations?user=L3jQVIQAAAAJ&hl=en

联系方式

电子邮箱：malijia@westlake.edu.cn
招聘链接：

1. 博士后

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202112/t20211221_17133.shtml

2. 科研助理

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202109/t20210922_12891.shtml