个人简介
2009年毕业于厦门大学生命科学学院生物科学专业，获学士学位。2012年获厦门大学分子生物学与生物化学硕士学位。2012-2018年在加州大学圣地亚哥分校攻读生物信息学博士学位，从事真核生物基因调控网络的研究。2019-2023年在加州大学圣地亚哥分校进行博士后研究，致力于单细胞表观遗传组学分析工具的开发与应用。张垲博士于2023年底加入西湖大学，任特聘研究员、博士生导师，成立计算与调控基因组学实验室。
学术成果及研究方向
调控基因组学实验室聚焦基因转录调控，通过计算生物学和机器学习等跨学科手段揭示细胞分化、衰老以及疾病的表观遗传学机制。我们实验室旨在开发创新性的生物信息学和机器学习方法，用于系统性地构建转录调控的计算模型，并从基因调控的角度解释非编码基因变异与疾病间的联系。我们当前的研究集中在几个关键领域，包括：（1）开发针对超大规模单细胞多模态数据的整合分析工具，（2）通过分析单细胞多组学数据构建基因转录调控网络，（3）通过整合时态数据和功能基因组数据构建基因转录调控的动态模型，以及（4）揭示非编码基因突变的致病机制。
代表论文
*These authors contribute equally
1. Zhang, K., Zemke, N. R., Armand, E. J. & Ren, B. A fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data. Nature Methods (2024)
2. Zhang, K.*, Hocker, J. D.*, Miller, M., Hou, X., Chiou, J., Poirion, O. B., ... Ren, B. A single-cell atlas of chromatin accessibility in the human genome. Cell (2021)
3. Zhang, K., Wang, M., Zhao, Y., & Wang, W. Taiji: System-level identification of key transcription factors reveals transcriptional waves in mouse embryonic development. Science Advances (2019)
4. Yu, B.*, Zhang, K.*, Milner, J., Toma, C., Chen, R., Scott-Browne, J., ... Goldrath, A. Epigenetic landscapes reveal transcription factors that regulate CD8+ T cell differentiation. Nature Immunology (2017)
5. Zhang, K., Li, N., Ainsworth, R., & Wang, W. Systematic identification of protein combinations mediating chromatin looping. Nature Communications (2016)
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